А светы вы, наши высокие хоромы!Кому вами будет владетипосле нашего царьсково житья?А светы, браные убрусы!береза ли вами крутити?А светы, золоты ширинки!лесы ли вам дарити?А светы, яхонты-серешки!на сучье ли вас задевати, —после царьсково нашего житья,после батюшкова представленьяа света Бориса Годунова?А что едет к Москве Ростригада хочет терема ломати,меня хочет, Царевну, поимати,а на Устюжну на Железную отослати,меня хочет, Царевну, постритчи,а в решетчатый сад засадити.Ино охте мне горевати:как мне в темну келью ступити,у игуменьи благословитца?Лжедмитрий I был убит 17 мая 1606 года в результате дворцового переворота, организованного дворянами-заговор щи ка ми и поддержанного народом. Новый царь Василий Шуйский перевел Ксению Годунову во Владимирский Княгинин монастырь. Дабы укрепить авторитет власти и дискредитировать идею «доброго царя Дмитрия», по приказанию Шуйского останки семьи Бориса Годунова были торжественно перенесены из Варсонофьевского монастыря в Троице-Сергиевский. Гробы с прахом царского семейства бояре и монахи несли на руках, а царевну Ксению везли следом в закрытых санях. Она громко плакала и причитала. Очевидец Конрад Боссов приводит в «Московской хронике» ее причитания: «О горе мне, бедной покинутой сироте! Самозванец, который называл себя Димитрием, а на самом деле был только обманщиком, погубил любезного моего батюшку, мою любезную матушку и любезного единственного братца и весь наш род, теперь его самого тоже погубили, и как при жизни, так и в смерти своей он принес много горя нашей земле. Осуди его, господи, прокляни его, господи!»
К тому времени многие в народе стали сожалеть о том, что Борис Годунов так бесславно закончил свое царствование. Многие говорили, что лучше бы он и сейчас бы еще жил и правил. А умная и проницательная Ксения уже тогда предчуствовала, что за убитым самозванцем явятся новые злодеи, которые принесут России много страданий. В одной своей песне царевна слезно вопрошает: «За что наше царьство загибло?»
Ксения не ошиблась. За Лжедмитрием I появился Лжедмитрий II, а затем и Лжедмитрий III… В 1609 году началась открытая польская и шведская интервенция.
Когда в 1609 году Ксения отправилась в Троице-Сергиевский монастырь на могилу своих родных, она была застигнута полчищами поляков, осаждавшими монастырь, в котором укрывались жители многих окрестных деревень. Осада длилась полтора года, и Ксения вместе с осажденными стойко переносила все трудности и мучения. Закончилась осада полным поражением поляков, которым так и не удалось сломить мужество и смелость защитников монастыря.
До наших дней дошло письмо, написанное Ксенией из осажденного монастыря, предназначенное жившей в Москве тетке, княгине Домне Богдановне Ноготковой, родной сестре Евдокии Богдановны Сабуровой, одной из жен царевича Ивана, убитого отцом Иваном Грозным. В этом письме от 29 марта 1609 года Ксения сообщает: «Я у Троицы в осаде в своих бедах чуть жива, конечно, больна со всеми старицами, и впредь, государыня, никако не чаем себе живота, с часу на час ожидаем смерти. Да у нас же за грех за наш моровое поветрие, всяких людей измяли скорби великия смертныя, на всякий день хоронят мертвых человек, по двадцати и по тридцати и больши…» Когда же лютующий в обители мор закончился, то «не осталося людей ни трети».
После завершения осады Троице-Сергиевского монастыря Ксения Борисовна Годунова вместе с племянницей Ивана Грозного, Марией Владимировной, переехала в московский Новодевичий монастырь. Однако и здесь ей не было покоя. В августе 1611 года казаки Ивана Заруцкого взяли монастырь приступом и разграбили его. Одна из грамот того времени свидетельствует: «Когда Ивашко Заруцкий с товарищами Девичий монастырь взяли, они церковь Божию разорили, и черниц, королеву, дочь князя Владимира Андреевича, и Ольгу, дочь царя Бориса, на которых прежде и зрети не смели, ограбили донага, и иных бедных черниц и девиц грабили и на блуд имали, а как пошли из монастыря, и церковь и монастырь выжгли».