Приказом № 34 от 3 января 1919 г. Регистрационному управлению Полевого штаба была подчинена вся агентура штабов фронтов и армий.
9 января 1919 г. РВСР приказал всем штабам военных округов, кроме Петроградского и Орловского, передать органы агентурной разведки в соответствующие штабы фронтов и армий. Аналогичные структуры действующей армии и штабов Петроградского и Орловского военных округов были к этому времени уже подчинены Регистрационному управлению ПШ.
В ходе Гражданской войны появилась необходимость выделять командиров в бою. С этой целью приказом РВСР № 116 от 16 января 1919 г. для строевых командиров вводятся знаки различия — цветные петлицы на воротники (по родам войск) и командирские нашивки на левый рукав, выше обшлага.
31 января 1919 г. РВСР дополнил штатРегиструпра 2-м отделом. Был создан морской разведывательный агентурный отдел.
В Берлине произошли бои между революционерами-спартаковцами и правительственными войсками.
Февраль 1919 года6 февраля ВЦИК утвердил «Положение об Особых отделах при Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Они должны были бороться с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте, следить за военачальниками, изучать настроения в армейской и флотской среде. Кроме того, Особые отделы занимались разведывательной работой за границей и на территориях, занятых белой армией и иностранными державами. Этот отдел возглавил сам Дзержинский.
Ввиду высокого положения и авторитета наркомвоенмора Троцкого в положении подчеркивалось, что Особые отделы будут действовать под контролем Реввоенсовета Республики. На деле Троцкий был более важной фигурой, чем председатель ВЧК.
Поэтому военные чувствовали себя уверенно и не боялись чекистов. В Гражданскую войну, например, разгневанный командарм запросто мог арестовать начальника Особого отдела, если у них не складывались отношения. Лишь после ухода Троцкого из армии ситуация радикально изменится. Подчиненность Особых отделов военным отменят в 1931 — м, и с этого момента военная контрразведка окончательно выйдет из подчинения армии.
Из-за одиозности в деятельности органов ВЧК, в том числе и Особых отделов, 17 февраля 1919 г. ВЦИК принимает постановление «О Всероссийской Чрезвычайной Комиссии». Документом полномочия чекистов несколько ограничивались: право вынесения приговоров по делам, расследуемым ЧК, вновь передавались ревтрибуналам. Но комиссия могла применять внесудебные репрессии в случае вооруженных выступлений и в местностях, объявленных на военном положении.
Дела с кадрами агентуры Региструпра обстоят крайне плохо. Разведку делает эффективной ее агентурная сеть, а у ведомства ее не было. В первую очередь это связано с недостатком людей, не только желающих, но и способных заняться агентурной работой. Попытки привлечь к такой деятельности бывших тайных военных агентов русской армии, как правило, терпели неудачу, поскольку они испытывали глубокое недоверие к советской власти. Вербовка агентов из интеллигенции также не дала результатов. Осталось последнее средство — партийный набор. Но и здесь руководство Региструпра ждало разочарование. Из 20 партийных работников, мобилизованных с ноября 1918 по январь 1919 г., тринадцать оказались изначально непригодны к агентурной работе, а еще двое давали сведения, но весьма посредственные, и толку от них было мало.
19 февраля 1919 г. начальник Агентурного отделения Региструпра В.А. Срывалин в докладе на имя начальника Агентурного отдела Г.Я. Кутырева пишет следующее: «В настоящее время крайне затруднено обследование агентов (из партийных) с нравственной и деловой стороны их качеств. Запас старых партийных работников исчерпан с первых дней октябрьской революции — все они заняли высокие административные посты. Коммунисты же октябрьского и более поздних сроков в большинстве не поддаются обследованию вследствие постоянно меняемых ими специальностей службы, непродолжительности сроков этой службы и отсутствия достаточно авторитетных лиц, которые могут дать оценку личности того или другого человека». Далее идет речь о том, что, несмотря на солидные рекомендации, данные кандидатам даже членами Совнаркома, те их не оправдывали по лично-моральным качествам и в конечном итоге становились обузой в кадрах разведки, от которой было чрезвычайно тяжело избавиться.
Ярким примером этого являются события, связанные с сотрудником военной разведки, имевшим псевдоним Бирзе. На самом деле это был латышский полковник А.И. Эрдман. Являлся одним из руководителей савинковского Союза защиты Родины и свободы. Под видом лидера поддерживающих советскую власть анархистов он втерся в доверие к Ф. Дзержинскому и был назначен одним из руководителей Региструпра («крышевая» должность ВЧК в центральном аппарате военной разведки). Представитель «чрезвычайки» был грозой региструпровских военспецов. Его люто ненавидели, но с ним не связывались.
