В 1930—1931 годах Пудин учился на общеобразовательных курсах при ОГПУ. В 1932 году по линии внешней разведки был направлен в Монголию в составе группы советников.
С самых первых дней пребывания советских советников в Монголии они активно участвовали в борьбе против вражеской агентуры, а также внешних и внутренних врагов этой страны. Японский милитаризм являлся в тот период особо опасным врагом для Монголии. Не имея возможности действовать открыто путем вооруженной интервенции, Япония взяла курс на овладение Монгольским государством и его ресурсами изнутри, опираясь на феодалов, на буддистские монастыри, организуя контрреволюционные заговоры. Находясь в Монголии, Василий Пудин принимал непосредственное участие в разгроме инспирированного японцами ламского мятежа. В 1934 году он вернулся в СССР.
После непродолжительной работы в центральном аппарате разведки в 1936 году Пудин направляется в качестве заместителя резидента НКВД в Болгарию. Используя накопленный ранее опыт оперативной работы по японцам, он завербовал крупного японского дипломата, от которого за вознаграждение получил шифры МИД Японии, которые это внешнеполитическое ведомство применяло в те годы в Европе. Это позволило в первые годы Второй мировой войны читать шифрованную переписку между Токио и Берлином и быть в курсе их планов в отношении СССР.
В 1938—1941 годах Пудин — заместитель, затем начальник отделения центрального аппарата внешней разведки. Окончил Вечерний институт марксизма-ленинизма при МГТС ВКП(б).
Таким образом, уже в 1920-е — 1930-е годы В.И. Пудин зарекомендовал себя блестящим разведчиком, специалистом по добыванию шифров и получению особо важной информации, которая способствовала выработке молодым Советским государством своей политики в восточноазиатском регионе.
В ГИТЛЕРОВСКОМ ТЫЛУ
Великая Отечественная война, в которой Василий Пудин участвовал с первых дней, выявила не только его высокие оперативные качества разведчика, но и личное, человеческое мужество.
3 июля 1941 года из Москвы в Могилев была направлена оперативная разведывательно-диверсионная группа из шести чекистов во главе с капитаном Пудиным. Перед группой была поставлена задача: подготовиться к переходу на нелегальное положение в случае захвата города немцами. Ехали на грузовике, оборудованном небольшой радиостанцией с автономным питанием от аккумулятора машины. Только добрались до Могилева — положение дел на фронте значительно осложнилось. Гитлеровские войска обошли город с севера и с юга, захватили Смоленск, подошли к Ельне, угрожали Вязьме. Советские войска, оборонявшие Могилев, оказались в окружении. Сложная обстановка вынудила группу Пудина принять участие в боях за город.
…Окруженный Могилев горел. Четырнадцатый день на его кварталы сыпались градом вражеские мины и снаряды. Все способные носить оружие находились на оборонительных сооружениях, расположенных на окраинах города. Атаки германской пехоты сменялись танковыми атаками, а за ними снова и снова на защитников города ползли вражеские цепи.
К этому времени осажденный город лишился связи с Большой землей. В распоряжении защитников Могилева была только небольшая портативная радиостанция оперативной группы Пудина. Четырнадцать дней они информировали Москву о ходе обороны. А когда продолжать сопротивление стало окончательно невозможным, окруженный гарнизон в ночь с 26 на 27 июля 1941 года пошел на прорыв, чтобы пробиться в леса и начать партизанскую войну. Группа Пудина находилась в рядах, штурмовавших вражеское кольцо.
У деревни Тишовка Василий Иванович был ранен, ему оторвало левую стопу. Очнувшись утром, он пополз в направлении к домам. Местная жительница Шура Ананьева спрятала его в сарае. Пять дней она и ее мать ухаживали за раненым. На шестой день, ковда у разведчика началась гангрена, Шура на добытой лошади отправила Пудина в могилевскую больницу. В одном из коридоров переполненной больницы Пудин пролежал долгих пять месяцев, выдавая себя за шофера Василия Попова (согласно полученной в Москве легенде).
Гитлеровцы не оставляли в покое раненого, проводили допросы (часто по ночам, особенно когда у него была повышенная температура), пытаясь выяснить, не лжет ли пациент. И только к концу пятого месяца Пудину удалось убедить гитлеровцев в истинности своей легенды-биографии.
В конце декабря, когда здоровье позволило разведчику самостоятельно ходить на костылях, его выписали из больницы и разрешили жить под надзором полиции в деревне Краснополье, что недалеко от Могилева.
В Краснополье Василия Ивановича приютил бывший учитель Михаил Волчков. Пудин начал сапожничать. Одновременно он приглядывался к окружающим его людям, изучал обстановку. Шаг за шагом создавал разведчик подпольную боевую группу. На его пути попадались и открытые враги, и провокаторы, и просто трусы и шкурники.
От рук предателя погиб первый боец его группы — учитель Михаил Волчков, где-то далеко в немецкой неволе томилась его спасительница Шура Ананьева, угнанная в Германию. Однако постепенно у Пущина стали появляться надежные верные помощники. Начались активные действия: рвались заложенные ими мины, горели вражеские машины, уничтожались немецкие солдаты и офицеры.