В результате переворота 26 мая 1921 года, совершенного силами армии, во Владивостоке было свергнуто пробольшевистское Приморское областное управление ДВР, и к власти пришло Временное Приамурское правительство под председательством Спиридона Дионисьевича Меркулова.
В сложных условиях Гражданской войны академия стала настоящим спасением для тех, кто был с ней связан. Во время многочисленных эвакуаций служащих перевозили вместе с семьями, в случае смерти служащего заботились об эвакуации его близких. Так произошло в 1919 году с семьей умершего 21 декабря 1918 года врача академии статского советника В. Е. Риккертсена. Семьям умерших сотрудников оказывалась материальная поддержка. Когда 21 января 1918 года умер заведующий складом учебных пособий академии и помощник библиотекаря Н. Г. Чулков, прослуживший 42 года и памятный многим поколениям выпускников, Андогский в конце февраля – марте 1918 года организовал сбор пожертвований для его семьи, оставшейся без средств (пожилая вдова и двое сыновей, еще не завершивших среднее образование). Академическое руководство занималось даже получением учебников для детей своих сотрудников.
Глубоко уважительным было отношение к ветеранам. Так, 20 марта 1919 года был издан приказ по академии к 30-летнему юбилею службы в академии статского советника Ф. А. Мартынова. В документе отмечалось:
В течение всей своей исключительно продолжительной службы в стенах академии статский советник Мартынов приобрел любовь и уважение длинной серии обучающихся офицеров, из коих огромное большинство достигло высоких военных назначений, а некоторые уже пали жертвой долга и чести за Великое свое Отечество. Не перечисляя многих славных имен живых и мертвых, отметим, что так или иначе, но никто из них не миновал стола учебной части канцелярии, коей заведывал Федор Алексеевич… За целое тридцатилетие он слился с академией, он и академия – нечто общее и единое, и трудно представить академию нашу без почтенного Федора Алексеевича.
Поздравлявший Мартынова профессор Б. М. Колюбакин сам прослужил с ним в академии четверть века.
Значительные ресурсы и определенная хозяйственная самостоятельность академии помогали ее персоналу выживать в трудное время. В академии имелись собственные хлебопекарня и продуктовая лавка, в которой служащим выдавали продовольствие; легковой автомобиль для служебных нужд, своя кузница, врач, фельдшер и даже ветеринарный фельдшер, две амбулатории. Можно было рассчитывать и на некоторую помощь извне. Так, в мае 1920 года академия получила медикаменты от канадского Красного Креста. С ноября 1921 года дважды в месяц Владивостокское (Корниловское) военное училище предоставляло работникам академии возможность пользоваться баней.
Преподаватели, как правило, переезжали с места на место с семьями, порой довольно многочисленными, и прислугой. Некоторые родственники преподавателей также устраивались в академию. Так, помощником библиотекаря был Н. Б. Колюбакин – сын профессора Колюбакина. Существовали и другие академические династии (например, Мартыновы и Чулковы). Возникали новые родственные отношения, в том числе между семьями преподавателей и слушателей. Слушатель Д. П. Артынов 29 апреля 1918 года женился на падчерице преподавателя И. И. Смелова А. И. Зиминой. Другой слушатель, Н. В. Бартенев, стал зятем начальника академии.
К 15 января 1921 года в академии числились 5 ординарных профессоров, один экстраординарный и 3 штатных преподавателя. К 15 ноября штатных преподавателей оставалось только два. Такое положение сохранялось и в 1922 году. Преподаватели занимались научно-педагогической деятельностью, сотрудничали с военно-исторической комиссией при штабе войск, читали публичные лекции, преподавали в других учебных заведениях Никольска-Уссурийского и Владивостока. Генерал Колюбакин с 1 июня 1921 года советом государственного Дальневосточного университета был избран исполняющим должность ординарного профессора по кафедре всеобщей истории, а Христиани с 1 февраля 1922 года был избран исполняющим должность ординарного профессора по кафедре экономической географии. Периодически возникали слухи о возможном открытии академии. Однако Андогский заверял, что если академия будет открыта, то только для продолжения образования слушателей в старшем классе.
В самой академии развернулась внутренняя борьба. Конференция решила воспользоваться истечением четырех лет с момента избрания Андогского начальником и не избирать его на новый срок. Однако Андогский сумел удачно выйти и из этой ситуации. Если верить свидетельствам его недоброжелателей-белоэмигрантов, он обвинил членов конференции в поддержке атамана Г. М. Семенова, в результате чего получил от командующего войсками Временного Приамурского правительства генерала Г. А. Вержбицкого приказ оставаться во главе академии «впредь до наступления успокоения в России».
В начале июня 1922 года к власти в Приморье пришел генерал-лейтенант М. К. Дитерихс, вскоре избранный правителем Приамурского земского края. Для укрепления своего положения Андогский вступил во Всероссийский крестьянский союз и был избран членом Владивостокской городской думы по списку Всероссийского крестьянского союза от Русского острова – пригородной части Владивостока, где размещалась академия. Затем, «объявив войну старому городскому голове при помощи всегда недовольных засельщиков, Андогский превратился в городского голову, одновременно сохраняя за собой и должность начальника академии». Городским головой Владивостока он стал 5 июля 1922 года и значился на этом посту до 20 октября.
Формально администрация академии подчинялась командующему войсками Временного Приамурского правительства. Начальник академии имел статус командира корпуса (позднее – начальника дивизии), а правитель дел – командира бригады. При этом критики Андогского отмечали, что он сотрудничал и с генералом Г. А. Вержбицким, и с братьями Меркуловыми, и с генералом Дитерихсом, предавая тех, кому служил ранее: «Каждый этап смены власти ему давал несколько тысяч на поездку в Японию. От каждого власть „берущего“ он также аккуратно брал».
В 1921–1922 годах генерал Андогский неоднократно бывал в Японии. Первая командировка состоялась с санкции генерала Вержбицкого и касалась как академических дел, так и специальных вопросов. Обсуждался и вопрос возможной эвакуации в Японию академии. В 1922 году Андогский ездил в Японию с 22 апреля по 4 мая на деньги Владивостокской городской думы. 17 мая он снова уехал в Токио, вернувшись 5 июня, а 23 августа отправился в Японию во главе делегации для обращения от имени Земского собора к императорскому японскому правительству и вернулся только 21 сентября. Затем опять уехал 4 октября с особым поручением от правительства Приамурского земского края для ведения переговоров о продолжении японской интервенции. Каждый раз в академии его подменял профессор Христиани. В октябре 1922 года Андогский решил не возвращаться во Владивосток и выждать время и 17 октября прислал телеграмму о подготовке академического имущества к вывозу за границу. Все же 21 октября он объявился во Владивостоке, где затем якобы распорядился о передаче академии советской власти. Есть сведения о том, что и в Китае, с послом князем Н. А. Кудашевым, и в Японии Андогский обсуждал возможность эвакуации академии за пределы страны.
Академия с ее имуществом являлась лакомым куском для преступников. Еще в октябре 1920 года
