А преставилась царица благоверная, Порушилась наша вера православная.
Так в песнях и былинах уже реализовалась нехитрая концепция «Хронографа 1617 года»: все хорошее в царствование Грозного исходило от Анастасии, все плохое началось после ее кончины и прекратилось только после воцарения ее внучатого племянника Михаила Федоровича Романова. Но летописи — достояние узкого круга книжников, а песни имеют хождение среди простонародья. Слухи, перекатываясь через торжища и кабаки, застывали в поэтической форме, сеяли в умах убеждение в человечности Романовых и коварстве Годунова, удобряя почву для торжества родичей покойной царицы.
Легенда о спасении царевича Димитрия родилась среди других слухов, инспирированных партией Романовых, но она оказалась самым грозным оружием в борьбе с Годуновым, утверждая неблаговластие нового режима. Борис пытался закрепить свой триумф шумными публичными действами, демонстрациями горячей взаимной любви нового правителя и его подданных. Но суетливость царя и его верного помощника патриарха Иова только подтверждали правоту страшных разоблачений. Волеизъявление участников Земского собора, нарекших в 1598 году Годунова самодержцем, оказывалось нелегитимным, когда тысячи шепотков сливались в единый голос Земли, осуждавший греховное зачатие годуновской власти. В глазах толпы первый самозванец — сам Годунов, человек, который назвался тем, кем на самом деле не являлся, который обманным путем занял чужое место. Вот почему одно только известие о явлении Димитрия — «природного» царя — превращало Годунова из самодержца, призванного на царство по воле Земли, в подлого и жалкого узурпатора.
Годунов в полной мере осознавал опасность, исходящую от сплоченного романовского клана. По случаю своей коронации Годунов пожаловал Романовых думными чинами; вероятно, новоиспеченный царь таким образом рассчитывал примириться со своими противниками. Трудно сказать, оказала ли монаршая милость умиротворяющее воздействие на Романовых, но толки о Димитрии на время стихли. Впрочем, перемирие продлилось недолго, за братьями был учрежден надзор. Борис вызывал и поощрял и «доводы» на них: «всех доводчиков жаловав больше — Федоровых людей Никитича Романова с братьею». По доносам делали аресты: «имаху у них людей многих» и некоторых даже пытали. Наконец, казначей Александра Никитича Романова Бартенев заявил, что готов показать на своего хозяина все, что будет угодно властям. Боярин Семен Годунов, заведовавший политическим сыском, научил доводчика спрятать в хозяйском доме «всякое коренье», чтобы потом «известить» об этом правительство.
Нагрянувшая к Романовым в ноябре 1600 года розыскная комиссия, сопровождаемая целым отрядом стрельцов, извлекла мешки с подозрительным содержимым и представила их думе. Так Романовых обвинили в умышлении извести государя при помощи ворожбы. Главу клана Федора Никитича заставили принять постриг — в монашестве он получил имя Филарета — и сослали на Двину в Антониево-Сийский монастырь. Остальных членов семейства рассовали по разным медвежьим углам.
Опала на Романовых совпала с двумя важными обстоятельствами. Вновь по Москве пошли разговоры о спасенном царевиче. С. Ф. Платонов отмечает, что молва о появлении Самозванца народилась в Москве как раз в пору розыска о Романовых. А что, если наоборот: подготовка к «нейтрализации» Романовых активизировалась после появления опасных слухов? Р. Г. Скрынников полагает, что новую волну разговоров о спасении Димитрия не следует связывать с делом Романовых: «Романовы пытались заполучить корону в качестве ближайших родственников последнего законного наследника царя Федора. К сыну Грозного от седьмого брака они относились резко отрицательно. Пересуды о наличии законного наследника Димитрия могли помешать осуществлению их планов. Совершенно очевидно, что в 1600 г. у Романовых имелось не больше оснований готовить самозванца „Димитрия“, чем у Бориса Годунова в 1598 г.».