Председатель ВЧК-ОГПУ Ф. Дзержинский, стремясь подмять под себя военную разведку, добился принятия постановления Совета труда и обороны за подписью В. Ленина, согласно которому Региструпр помимо РВСР был подчинен еще и Всероссийской чрезвычайной комиссии (ВЧК) на правах ее отдела. При этом начальник Региструпра входил в Коллегию ВЧК с правом решающего голоса. Его назначение на должность должно было производиться по согласованию с РВСР и ВЧК. Однако претворение этого постановления в жизнь встретило сильное сопротивление со стороны военных. В результате Региструпр так и не был включен в ВЧК.
Секретный отдел советского правительства для осуществления конспиративной связи между ИККИ и зарубежными компартиями с 11 ноября 1920 г. стал именоваться Конспиративным отделом и формально находился в подчинении Коминтерна.
Декабрь 1920 годаНа 15 декабря 1920 г. информацию по Литве, Польше и Германии предоставляют 14 резидентур, созданных в течение 5 месяцев двумя окружными резидентами, действующими с позиций официальных советских представительств в Литве. Агентурные единицы были ими образованы в Данциге — 4, в Варшаве — 2, в Вильно — 2, в Мемеле — 2, по одной резидентуре работало в Познани, Еродно, Белостоке и Кибартах. Помимо них информацию добывали и несколько отдельных агентов. Под агентурным наблюдением находились не только войска, но и важнейшие железнодорожные узлы, крупнейшие морские порты Балтийского моря, деятельность разведки и контрразведки. Регулярно добывались оригиналы паспортных бланков и оттиски действующих печатей, образцы бумаги для паспортов, иностранных документов, используя которые в Центре изготовляли их копии для легализационного прикрытия своих сотрудников и агентов.
Если до установления дипломатических, экономических, культурных и иных связей со странами Прибалтики агентурная разведка Красной армии в основном была нелегальной, то с их налаживанием она стала широко использовать официальные каналы отношений в качестве прикрытия для своих миссий. В комиссиях и делегациях, направляемых за границу, обеспечивалось широкое представительство Регистрационного управления.
Потерпев формальное поражение в борьбе за Региструпр с военными, руководствуясь рекомендациями, разработанными возглавляемой И. Сталиным комиссией по реформированию системы советской разведки, 20 декабря 1920 г. Дзержинский подписал приказ № 169 о создании уже самостоятельного Иностранного отдела Всероссийской чрезвычайной комиссии (ИНО ВЧК). Эту дату принято считать днем рождения внешнеполитической разведки ВЧК-ОЕПУ-НКВД-МЕБ-КГБ. На нее возлагались задачи по выявлению направленных против СССР заговоров, диверсионной и террористической деятельности за рубежом, контролю за иностранцами внутри страны. Основное содержание внешней функции заключалось первоначально в работе против белой эмиграции (проникновение в ее руководство, его дискредитация, разложение членов группировок и организаций), в чем разведчики ОГПУ-НКВД добились значительных результатов.
Следует также отметить, что начальник Регистрационного, а потом и Разведывательного управления (с 4.04.1921) оставался членом Коллегии ВЧК и продолжал назначаться по согласованию с Чрезвычайной комиссией. Такая ситуация привела в дальнейшем к объединению зарубежных агентурных сетей, назначению единых резидентов, преимущественно из числа сотрудников ВЧК, и их двойному подчинению двум ведомствам.
Практика, когда при единстве задач и нехватке средств за рубежом действовали объединенные резидентуры ИНО ВЧК-ГПУ и Разведупра под руководством объединенных резидентов, бывших одновременно уполномоченными военной и политическойразведок, просуществоваладо 1925 г.
Раздельно работали лишь агентурные сети разведотделов военных округов и полномочных представителей ГПУ в военных округах.
К 25 декабря 1920 г. советская военная разведка успешно действовала более чем в 15 важнейших государствах, особенно эффективно — в Прибалтике, Польше и на Балканах.
Во время Гражданской войны ее агенты были внедрены в штабы армий Колчака и Врангеля, а во время советско-польского противостояния — в штаб армии белополяков. У нее имелись свои источники в центральных штабах, правительственных кругах и контрразведке Эстонии. Гю добыты планы выступления Латвии и Эстонии против Советской России, сведения о подписании секретных договоров между Венгрией и Францией, направленных против РСФСР.